Дело не в GD.
если php версии 5.3 надо пересобрать полностью php-ffmpeg версии 0.5 насколько я помню. да и общий ffmpeg тоже не помешало бы пересобрать.
если ничего не помогает, откатывайте на php 5.2
NicKz, Да пожалста))
добавлено спустя 7 минут:
Default_mo, Информация с phpinfo:
ffmpeg-php version: 0.6.0-svn
ffmpeg-php built on: Feb 10 2010 05:51:29
ffmpeg-php gd support: enabled
ffmpeg libavcodec version: Lavc52.20.0
ffmpeg libavformat version: Lavf52.31.0
ffmpeg swscaler version: SwS0.7.1
Версия PHP php5-5.3.3-7+squeeze14