я думаю, это больше от сервера зависит.

mixlion, зайти в панель и зделать. причем тут MVC и кохана?
или через модрерайт в htacces. опять же ни при чем

Мда.
Все запросы перенаправляются на index.php , а субдомен ведь создаются под определенную папку, вот я и спрашиваю

Сначала мод реврайт проверяет на существования файла/папки куда направлен запрос, после, если не существует, применяет правило, но тут даже не затронится система, так как поддомен будет перенаправлен в папку, где должен быть свой хетач