Вобщем нужно писать зц, никак руки не доходят. Серфя этот подфорум, все таки решил, что нужно браться. И чтоб хоть что-то послужило толчком для начала, решил провести небольшой опросик =) допустим предположительно все заключается в таких частях index, down, add, top, new(ну естесственно не все, чисто для примера, чтоб не писать здесь войну и мир). Вобщем как лучше реализовать их построение:
1. Так и оставить их разными файлами
2. Кинуть в папку down/inc и в index.php инклудить их(способ как здесь рядом в тема, через массив, затем проверяется на наличие в массиве ключа, переданного _гет и проверяется наличие файла(это чтоб не писать здесь в теме лишний код))
3. Пункт 2, только вместо такого подключения из массива, все подключается через кейсы(case), в котором кроме инклуда и breаk ниче нет.(сам понимаю что эт бред, но так чисто для разнообразия)
4. Все делать через кейсы в одном файле.(ну а потом может mod_rewrite разукрасит всю картину)

я не специалист, но больше всего нравится второй способ.

Думаю первый, и автолоад использовать
добавлено спустя 2 минуты:
Каждый файл можно считать модулем с набором функция (как я понимаю здесь речь не о ООП), имя модуля должно соответствовать имени файла, а в клиенском коде просто подключаем модуль и пользуемся его возможностями, на пример так:

<?php
use('base-module');
// Вызываем функции данного модуля

А еще лучше было бы смешать немного с ОО и сделать так:

<?php
$base = use('base-module');
// Вызываем функции данного модуля
$base->fun1();

Автоподгрузка классов (как и любого кода) тривиальная задача и чем быстрее ты ее автоматизируешь, тем лучше. Она ни коем образом не усложняет простые скрипты, а скорее наоборот. Так почему бы не использовать ее как можно раньше? Да и при чем здесь ядро?
Дело твое, автор

Ты же подгружаешь функции (классы), а не код. В моем представлении оно выглядит как то так:

Файл base.php
<?php
function fun1(...){
...
}
function fun2(...){
...
}
...
function funN(...){
...
}

Файл main.php
<?php
use('base');
fun2();